Application Note Template toolsを使用した
SoftMax Proソフトウェアへのサンプル情報のインポート
PDF版（英語）
はじめに
Caroline Cardonnel｜Sr.アプリケーションサイエンティスト｜モレキュラーデバイス
SoftMax® Pro 6または7ソフトウェアでは、template editorを使用してサンプル情報を入力できます。サンプル名と2つのdescriptorを追加して、プロトコルをカスタム化できます（図1）。さらに、SoftMax Proソフトウェアのインポートおよびエクスポート機能により、plate templatesを.xlsまたは.txtファイルとしてインポートできます。これは、ハイスループットの場合や、サンプル情報が他のソフトウェア（Excelなど）ですでに利用可能な場合に特に便利です。このテクニカルノートでは、Excelからテンプレートファイルをインポートする手順を順を追って説明します。
図 1. SoftMax Pro 6または7ソフトウェアのテンプレートエディタウィンドウ。
互換性のあるtemplate fileの作成
SoftMax ProソフトウェアのHomeタブでは、template toolsを使用してUnicode（UTF-8）形式のタブ区切りASCIIテキストファイルからplate sectionにtemplate informationをインポートできます。TemplateファイルはSoftMax Proソフトウェアの外部で準備し、サンプルの実行準備が整った時点でインポートすることができます。
Templateをインポートするための正しいフォーマットを取得する最善の方法は、SoftMax Pro SoftwareからTemplateをエクスポートし、結果のファイルの内容を修正することです。
Templateをエクスポートするには、次の手順に従います：
1. Navigation Treeでsource plateのセクションを選択します。
2. [Home]タブで[Export]をクリックし、
[Save As]ダイアログを表示します。
3. Templateファイルを保存する場所に移動します。
4. File Name フィールドにファイル名を入力します。
5. Save As Type（保存形式）ドロップダウンをクリックし、テキストファイル（*.txt）またはエクセルファイル（*.xls） を選択します。テキストファイルはタブ区切り形式で保存されます。
6. Saveをクリックします。このファイルを Excel で開いて更新することができます。
エクセルでのtemplate fileの更新と修正
template dataをUnicode（UTF-8）形式のタブ区切りASCIIテキストファイルとして保存する場合、template fileはタブで区切られた10列のデータで構成されます（図2）。ファイルの各行は、プレート内の1つのウェルに関する情報を提供します。
図2. Excelで開いたエクスポートされたtemplate fileの例。A）はplate templateにウェルが割り当てられていないSoftMax Pro文書からエクスポートしたファイル、B）はplate templateにウェルが割り当てられているSoftMax Pro文書から取得したファイルです。
template informationをエクスポートする場合、データの1行目にはウェルA1のtemplate informationが含まれ、データの2行目にはウェルA2のtemplate informationが含まれ、...というように、プレート内のウェルごとにエクスポートファイルに行が作成されます。プレート内のウェルにtemplate informationが存在しない場合、ファイル内の該当行は空白のままになります。
template informationのインポート順序はエクスポート順序と一致していなければならず、各列はテキスト、数字、英数字の正しい形式でなければなりません（表1）。C列はグループセクションの形式を表すため、SoftMax Proソフトウェアの表で実施される分析を表します。「Standards」、「Unknowns」、または「Custom」のいずれかを指定します。SoftMax Proでgroup sectionに列を追加した場合、この列には「Custom」が表示されます。D列はサンプル名で、バーコードで入力できます。SoftMax Proのgroup tableでは、サンプルは名前に従って英数字順にリストされます。したがって、正しい順序を保つためには、1桁の数字の前に「0」を付ける必要があります。ファイル内の空白行はウェルに割り当てられ、templateは割り当てられません。
| カラム名 | カラム項目 | 説明 |
|---|---|---|
| A | Well Location | この欄では、ウェルは順番に並んでいる必要はないです。 |
| B | Group Name | このフィールドがない場合、残りの行は無視されます。 |
| C | Group Type | 3つの文字列がサポートされています： Standards（標準）、Unknowns（未知）、Custom（カスタム）。空白のグループはEmpty（空の）列形式となります。 |
| D | Sample Name | このフィールドが空白の場合、ウェルはグループに含まれますが、サンプル名は割り当てられません。 |
| E | Descriptor1 Name | 一般的に濃度、希釈、容量、パーセンテージ、または検体番号/IDに使用されます。 |
| F |
Descriptor1 Value |
このフィールドに数値を入力することも、空白にすることもできます。 |
| G | Descriptor1 Units | サポートされている文字列は、unit/mL、mg/mL、μg/mL、ng/mL、mg、ng、mL です。この欄が空白の場合、単位/mLが割り当てられます。 |
| H | Descriptor2 Name | 一般的に濃度、希釈、容量、パーセンテージ、またはサンプル番号/IDに使用されます。 |
| I | Descriptor2 Value | このフィールドに数値を入力することも、空白にすることもできます。 |
| J | Descriptor2 Units | サポートされる文字列は、unit/mL、mg/mL、μg/mL、ng/mL、mg、ng、および mL です。この欄が空白の場合、単位/mLが割り当てらます。 |
表1. Template fileの説明。指定がない場合は、テキスト、数値、英数字のいずれでも入力できます。
Template fileを調整したら、ドキュメントをタブ区切り形式のテキストファイルとして保存し（図3）、Excelを閉じます。Excelが開いたままだと、テンプレートのインポート中にSoftMax Proソフトウェアにエラーメッセージが表示されます（図5）。
図3. ExcelでTemplate fileをタブ区切りのテキストファイルとして保存。
図5. Templateのインポート中に発生する可能性のあるエラーメッセージ。A) は、SoftMax Proソフトウェアへのインポート中にExcelが開いたままの場合に表示されるエラーメッセージです。B）は、Excelテンプレートファイルのウェルフォーマットが間違っている場合に表示されるエラーメッセージです（例：数値ではなくテキスト）。
Importing a template
表1に示したガイドラインに従っていれば、更新したtemplateのインポートはSoftMax Proソフトウェアでわずかな手順で行うことができます：
1. Navigation Treeで、destination plate sectionを選択します。
2. 「Home」タブで「Import」をクリックし、「Open」ダイアログを表示。
3. インポートしたい<template>.txtファイルを選択します。
4. Openをクリックします。templateがplate sectionに追加され、インポートされたtemplate fileに従って追加のtablesが生成されます（図4）。
図 4. SoftMax Proソフトウェアでのtemplate fileインポートの例。Aは図2の表Bを調整したExcel template file。2つのグループ（Compound 1とCompound 2）を追加し、サンプル名を変更し、濃度をアッセイ基準に合うように修正しました。Bは templateインポート前のSoftMax Pro basic endpoint data fileです。plate sectionにはtemplateがなく（blank plate）、データ解析は行われず、navigation treeには4つのグループが存在します。Cはtemplateインポート後のSoftMax Pro basic endpoint data fileです。plate sectionにtemplateが表示され、色分けされたグループがあり、navigation treeには2つの新しいグループがあり、Compound 1のgroup tableには正しいインポート濃度が表示されています。
結論
このテクニカルノートでは、template fileをExcelからSoftMax Proソフトウェアにインポートする方法を説明しました。templateがExcel互換フォーマットで利用可能な場合は、Excelマクロを設計してtemplate fileを自動的に更新することで、より安全で迅速な方法を実現できます。
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